万方系统研究生论文查重的原理主要是通过比对文本相似度来判断论文的原创性。万方系统会将上传的论文与其数据库中的文献进行比对，检测论文中是否存在抄袭、重复等问题。系统会对论文进行分析，生成文本指纹，然后与数据库中的文献进行比对，最终给出查重报告。

此外，万方系统还会采用文字处理技术，对论文进行分词、去除停用词等预处理操作，以提高查重的准确性和效率。通过这些技术手段，万方系统能够帮助研究生及时发现论文中存在的问题，保障学术诚信和学术水平的提升。